Trước khi thành lập Chính phủ, các vùng do cách mạng kiểm soát đặt dưới sự quản lý của các Ủy ban nhân dân tự quản, sau là Ủy ban nhân dân giải phóng rồi Ủy ban nhân dân cách mạng. Đứng trước yêu cầu phải có một chính quyền Trung ương, Đảng Lao động Việt Nam chủ trương thành lập một chính phủ lâm thời. Một cuộc họp của các lãnh đạo Trung ương Cục gồm các ông Phạm Hùng, Lê Đức Thọ, Nguyễn Văn Linh và Thường vụ TW Cục với đại diện Mặt trận ông Nguyễn Hữu Thọ, Huỳnh Tấn Phát được tổ chức. Sau đó ông Phạm Hùng đi họp Bộ Chính trị ngoài Bắc xin ý kiến Trung ương. Sau khi được TW cho ý kiến, công tác tổ chức trực tiếp do ông Phạm Hùng và Nguyễn Văn Linh đảm nhiệm. Một hội nghị liên tịch giữa Thường trực TW Mặt trận Dân tộc giải phóng và Trung ương Liên minh các lực lượng dân tộc, dân chủ và hòa bình cũng được tổ chức để bàn về tổ chức Đại hội[1]. Theo Chỉ thị 13/CTLT ngày 15-5-1968 của Trung ương Cục chỉ đạo thành lập chính quyền các cấp thì chính quyền một mặt phải bảo đảm tính chất chuyên chính của nó, mặt khác phải thể hiện tính chất rộng rãi, để "tiến hành triệt để cách mạng dân tộc dân chủ đến thắng lợi hoàn toàn, thực hiện hòa bình thống nhất Tổ quốc, và sau này sẽ tiến lên chủ nghĩa xã hội"[2]

Từ ngày 6-8/6/1969, Đại hội Đại biểu Quốc dân miền Nam Việt Nam, mà Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam, cùng với Liên minh các Lực lượng Dân tộc, Dân chủ và Hòa bình Việt Nam do Luật sư Trịnh Đình Thảo làm Chủ tịch, là nòng cốt, đã bầu ra Chính phủ Cách mạng Lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam do Kiến trúc sư Huỳnh Tấn Phát làm Chủ tịch, và Hội đồng Cố vấn Chính phủ do Luật sư Nguyễn Hữu Thọ làm Chủ tịch. Đại hội do ông Nguyễn Hữu Thọ và Trịnh Đình thảo chủ trì. Đại diện Đảng tham dự là ông Nguyễn Văn Linh. Ngay sau khi được thành lập, Chính phủ Cách mạng Lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam đã được 23 nước công nhận, trong đó có 21 nước đặt quan hệ ngoại giao. Từ tháng 6/1969 đến đầu năm 1976, đã có 90 nước trên thế giới này (trong đó có nhiều nước tư bản chủ nghĩa) công nhận và lập quan hệ ngoại giao[3].

Các chính phủ chính thức công nhận Chính phủ Cộng hòa Miền Nam Việt Nam trong nửa đầu tháng 5/1975 gồm: Thái Lan, Thụy Điển, Phần Lan, Ấn Độ, Đan Mạch, Pakistan, Jamaica, Síp, Chính phủ Liên hiệp Dân tộc Lâm thời Lào, Nigeria, Nhật Bản, Úc, Nepal, New Zealand, Anh, Ý, Pháp, Bỉ, Canada; ngày 18 là Jordan và Ấn Độ lập quan hệ ngoại giao. Ngày 25/6/1975 lập quan hệ ngoại giao ở cấp đại sứ với Canada.

Chính quyền trung ương Cộng hòa Miền Nam Việt Nam có quyền lực hành pháp. Hội đồng Cố vấn có chức năng như cơ quan tư vấn, góp ý Chính phủ, sau này có chức năng lập pháp. Chính phủ không công khai chịu sự chỉ đạo từ ngoài Bắc hay của cấp ủy Đảng trong nam, nhưng vẫn thể hiện rõ miền Bắc chi viện miền Nam như là "hậu phương lớn chi viện cho tiền tuyến lớn" và chịu chỉ đạo của Hồ Chí Minh và di chúc của Hồ Chí Minh (mà họ gọi là Hồ Chủ tịch) với tư cách là lãnh tụ của nhân dân cả nước (với Mặt trận thì gọi thêm là "lãnh tụ của mặt trận dân tộc thống nhất Việt Nam"). Các chỉ đạo chính sách trong Nam của Đảng ở TW là bí mật (theo chỉ thị của Ban Bí thư)[4]

Chính quyền Cộng hòa Miền Nam Việt Nam được tổ chức ở cấp Trung ương, cấp tỉnh và thành phố, cấp huyện và cấp xã. Các cấp địa phương đều có Hội đồng Nhân dân Cách mạng và Ủy ban Nhân dân Cách mạng.

Chính phủ Cách mạng Lâm thời Cộng hoà Miền Nam Việt Nam đã công bố chương trình hành động 12 điểm nhằm động viên toàn quân, toàn dân miền Nam đẩy mạnh sự nghiệp chống Mỹ cứu nước đến thắng lợi hoàn toàn. Chính phủ Cách mạng Lâm thời Cộng hoà Miền Nam Việt Nam đã kêu gọi toàn quân, toàn dân, không phân biệt chính đảng, tôn giáo, dân tộc, đoàn thể, công nhân, nông dân, thanh niên, phụ nữ, học sinh, sinh viên, các tổ chức công thương yêu nước, kiều bào ở nước ngoài và những cá nhân yêu nước trong guồng máy ngụy quân, ngụy quyền… tất cả cùng tăng cường đoàn kết, cống hiến nhiều hơn nữa cho sự nghiệp giải phóng dân tộc.

Ngày 7/11/1969, Chính phủ Cách mạng Lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam ra Tuyên bố về chính sách chiến tranh xâm lược ngoan cố của chính quyền Nixon đối với miền Nam Việt Nam. Bản Tuyên bố nêu rõ: